株券喪失登録がされた株券を所持する者が所定の期間内に登録抹消申請をすれば、必ず登録は抹消されるので、登録株券が無効となることが防止されて、株券所持人は保護されます（２２５条）。

喪失登録された株券は、株券喪失日の翌日から１年後の日に無効となります（２２８条１項）が、その前に株券所持人が株券を提出して、株券喪失抹消登録を申請する（２２５条１、２項）と、会社は喪失登録者に抹消申請のあったことを通知し（２２５条３項）、この通知の日から２週間後に喪失登録を抹消しなければなりません（２２５条４項）。

ü 株券を所持する者による株券喪失登録への抹消の申請（２２５条１、２項）

株券喪失登録された株券を所持する者は、法務省令、具体的には会社法施行規則４８条の定めにより、喪失登録の抹消を申請することができます（２２５条１項）。この抹消の申請をする際には株券の提出をともに行うことが必要です（２２５条２項）。

が、その株券を表章する株式の権利を行使するために株券を会社に提出した時は、会社は提出した所持人に対して、その株券が喪失登録されていることを、遅滞なく、通知しなければなりません（２２４条２項）。そして、抹消申請には、申請者の氏名または名称および住所を明らかにしなければなりません（会社法施行規則４８条）。

抹消を申請できる株券を所持する者は、２２４条２項の株式について権利行使する場合とは異なり、権利行使は要件となっていないので、株券を占有しているものであればよく、株券の占有者であることの権利確定が反対事実の立証により覆される者であっても構わないと解されています。それは、喪失したと主張されていた株券の所在か判明したのだから、その株券を無効としない、ということだけですから。

なお、株券を所持する者であっても喪失登録者は対象外となります（２２５条１項括弧書）。喪失登録者による抹消申請は２２６条による手続きが、別にあるからです。

抹消の申請により、株券喪失登録された株券は無効となります。ただし、これは株券喪失登録日の翌日から１年以内にしなければなりません（２２５条１項但書）。

ü 株券喪失登録者への通知（抹消申請の通知）（２２５条３項）

株券の所持者から喪失登録の抹消申請を受けた会社は、遅滞なく、喪失登録者に、抹消申請者の氏名または名称、住所および抹消申請された株券の番号を通知しなければなりません（２２５条３項）。

喪失登録者は、この通知により株券の所持人を知り、自己の株主権を主張して提出された株券の返還を求めることができるようになります。

この通知は、株券喪失登録簿上に記載された喪失登録者の住所に宛てて発信すればよく、通常到達すべき時に到達したとみなされます（２３２条）。

通知は遅滞なく行わなければなりませんが、遅滞しても、喪失登録者は喪失登録が維持されることに利益があるから、株券所持者による抹消申請の期間内、つまり、喪失登録日の翌日から１年以内に通知をする、ということになる。

ü 会社による株券喪失登録の抹消（２２５条４項）

会社は、喪失登録抹消申請のあったことを喪失登録者に通知した日から２週間後に、喪失登録を抹消しなければなりません（２２５条４項）。

通知の日は、原則として、会社が通とを発信して到達すべき日となります。

・抹消申請通知２週間経過後の株券喪失抹消

登録抹消申請の日に直ちに抹消するのではなく、喪失登録者に抹消申請通知がされた日から２週間後に抹消するとなっています。これは、喪失登録者が、株券の所持人である登録抹消申請者は株券の真の権利者ではないとした場合に、通知後２週間の期間内に、登録抹消申請者が会社に提出した株券について占有移転禁止の仮処分を取得した上で、本訴を提起して株券の返還を求めることができるようにしたためです。

・喪失登録１年経過後の株券抹消申請（２２５条１項但書）

登録申請が、喪失登録日の翌日から１年の期間ギリギリに申請された場合、喪失登録抹消申請のあったことを喪失登録者に通知した日から２週間後の登録抹消の前に、株券そのものが無効になってしまう（２２８条１項）になります。無効となった株券の喪失登録抹消申請は意味がないので、この場合、２２５条１項但書が優先されて、この株券は無効にならないと考えられます。